Directoraat-generaal PRE vergunning
- afdeling Onderzoek en Ontwikkeling (menselijk gebruik)
- afdeling Vergunning voor het in de handel brengen (menselijk gebruik)
- afdeling Geneesmiddelen voor Diergeneeskundig Gebruik
- afdeling Evaluatoren
- eenheid National Innovation Office en Wetenschappelijk-Technisch Advies
- eenheid Farmacopee/Grondstoffen
Directoraat-generaal POST vergunning
- afdeling Vergunning voor het in de handel brengen (variaties en hernieuwingen)
- afdeling Vigilantie
- eenheid Menselijk Lichaamsmateriaal
- afdeling Gezondheidsproducten
- afdeling Goed Gebruik
Directoraat-generaal Inspectie
- afdeling Industrie
- afdeling Distributie
- afdeling Aflevering
- afdeling Vergunningen
- afdeling Medische Hulpmiddelen
- Speciale Onderzoekseenheid
Diensten van de administrateur-generaal
- afdeling Communicatie
- afdeling Wetgeving en Geschillen
- afdeling Kwaliteit
- afdeling Internationale Betrekkingen
- Strategy Realization Office
Algemene diensten
- afdeling Budget en Beheerscontrole
- afdeling Personeel en Organisatie
- afdeling ICT
- eenheid Logistiek - samenwerking 1FM